Программа mysqld может быть запущена от имени любого пользователя. По умолчанию она запускается от имени root. Если она запускается от имени любого другого пользователя, надо установить правильные права доступа ко всем необходимым файлам.
Зайдите в систему как пользователь-владелец MySQL и дайте следующую команду (Предполагается, что исполняемый модуль mysql находится в вашем пути. Если это не так, укажите полный путь):