Самый быстрый способ загружать данные в MySQL - команда LOAD DATA INFILE. Это в 3-20 раз быстрее, чем использование инструкций INSERT. Для еще большего количества быстродействия Вы можете использовать следующую процедуру, чтобы отключить формирование ключа на вашей таблице, в то время как данные загружаются. Для этого надо находиться в вашем MySQL каталоге баз данных, или обеспечивать полные пути к вашей базе данных.